Pour le reproduire : 
 
1/ Création d'une nouvelle formation
2/ Elle est bien ajoutée dans le plan du site (en gris car en brouillon)
3/ Passage de brouillon à validé
4/ Dans le plan du site, sélection du noeud associé à cette formation, puis clic sur rafraîchir => L'icône de la formation reste grise et non verte.
Mais si le noeud parent est sélectionné, puis clic sur rafraîchir, c'est ok.  
=> Voir si le problème n'est pas plus général aux pages virtuelles (par exemple avec les pages de l'annuaire).