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Les pages sont bien visibles dans l'arbre virtuel sous la page racine de l'ODF, mais certaines pages ne s'affichent pas.

Cela vient du filtre appliqué sur le nom du Program (voir la méthode FilterNameHelper#filterName(String)) qui filtre en partie le nom du noeud JCR et cela produit des effets de bords.

Il faudrait revoir les appels à la méthode #filterName et s'assurer que les noms de noeuds JCR ne soient pas filtré.
Par exemple, voici une des méthodes à corriger : ProgramPage#getName ou encore CoursePage#getName. En revanche DegreePage#getName ne filtre pas le nom du noeud ce qui est le résultat attendu.